Dois assassinatos em 1992, ambos de pessoas próximas a PC Farias, provocam desconfiança. O primeiro foi o do governador do Acre, Edmundo Pinto, em um hotel de São Paulo, às vésperas de seu depoimento em Brasília sobre superfaturamento em uma obra de seu estado, o Canal da Maternidade, financiada com verbas do FGTS. O crime aconteceu dias antes das denúncias de Pedro Collor. A polícia de São Paulo fechou o caso como latrocínio (roubo seguido de morte) em um mês.
Antes disto, o então ministro do Trabalho, Rogério Magri, admitira ter recebido propina para liberar os recursos. Só muito mais tarde, quando mapeou as áreas de atuação de PC, a Polícia Federal descobriu que estas verbas também eram manipuladas pelo caixa de campanha de Collor, administrada pelo tesoureiro Paulo César Farias.
O segundo assassinato foi o do sócio da locadora GM Rent a Car, de Brasília, que alugava, em nome da empresa de PC Farias, o carro usado pela secretária de Collor, Ana Acioli, Gilberto Martins. Ele foi morto a tiros em um bar de Taguatinga, no Distrito Federal, quando tomavam cerveja e jogavam sinuca. A polícia local concluiu que foi um crime comum. Gilberto Martins chegou a afirmar que tinha provas de que PC Farias pagava as contas do Planalto durante a administração de Collor.
A polícia não investigou a relação das mortes com o Esquema PC, mas tem documentos que confirmam que a corrupção movimentou mais de US$ 1 bilhão dos cofres públicos. PC Farias teria controlado quase todos os ministérios durante o governo Collor e diversos setores da economia. O ex-tesoureiro da campanha de Collor teria manipulado grandes contratos do país através da indicação de funcionários no segundo e terceiro escalões do governo para alterar documentos, criar contas fantasmas e desviar, sem pistas, verbas que deveriam ser aplicadas em obras públicas, educação, saúde, segurança e previdência social.
A Polícia Federal, ao longo de investigações no Brasil e no exterior localizou contas de PC Farias na Europa, de onde foram feitas transferências para as contas em Nova York e Miami, onde o ex-presidente Collor viveu seu exílio forçado até o final de 1999.
O diretor-geral da Polícia Federal, Vicente Chelotti, declarou que "o destino final do dinheiro eram os Estados Unidos", e que os beneficiados pelo Esquema PC seriam identificados, mas a PF ainda não tem certeza se PC Farias usou o esquema do narcotráfico apenas para lavar o dinheiro que arrecadou ilegalmente no país ou se estava efetivamente envolvido com o tráfico internacional, pois as contas mantidas por PC Farias no Exterior eram operadas pelos argentinos Jorge Oswaldo La Salvia e Luiz Felippe Ricca, procuradores do empresário.
As mortes do tesoureiro da campanha de Fernando Collor, Paulo César Farias, e de sua namorada Suzana Marcolino, ocorridas em 23 de junho de 1996, ainda são fontes de polêmica, mesmo com a conclusão de dois inquéritos. PC Farias e Suzana foram encontrados mortos por volta das 11h na casa de praia do empresário, em Guaxuma, litoral norte de Maceió (AL). Na noite anterior, PC e Suzana jantaram com o deputado federal Augusto Farias, irmão do empresário, e a namorada dele, na casa de praia.
Quando os corpos foram encontrados, PC estaria deitado de lado, sobre o braço direito. Para a polícia alagoana, depois de atirar no namorado, Suzana sentou-se na cama e deu um tiro no próprio peito, com um revólver calibre 38 comprado por ela mesma, com ajuda da prima Zélia Maciel. Os cinco seguranças e o caseiro afiramaram não ter ouvido os disparos. Resolveram arrombar a janela, segundo eles, quando o patrão não respondeu a seus chamados. Antes, um deles ligou para Augusto Farias.
Desde o princípio, o presidente do primeiro inquérito sobre as mortes, Cícero Torres, apostou na tese de crime passional. PC teria sido morto por Suzana porque ele teria ameaçado abandoná-la. As falhas na investigação, entretanto, aumentaram as dúvidas sobre a versão oficial. Não houve preservação do local do crime. Não foram procurados resíduos de pólvora nas mãos dos seguranças, e a família de PC queimou o colchão onde ambos morreram.
As mudanças na tese também criaram dúvidas: a princípio, Cícero Torres tinha certeza de que as mortes haviam ocorrido entre 4h30 e 5h da madrugada. Depois, com a descoberta de telefonemas dados por Suzana ao dentista Fernando Coleoni, em São Paulo, depois das 5h, o horário foi mudando até se chegar à versão definitiva: cerca de 7h do dia 23.
A possibilidade de dar por encerrada uma investigação que poderia apontar uma queima de arquivo incomodou até o então ministro da Justiça, Nélson Jobim. Ele determinou à Polícia Federal que investigasse o crime. Duas semanas depois das mortes, o delegado federal Pedro Berwanger chegou a Maceió. Refez todas as investigações e não acrescentou dados novos. Mas, a seus superiores, queixou-se da falta de cuidado das investigações feitas em Alagoas.
O médico legista Badan Palhares foi a Maceió, com sua equipe, para refazer as perícias no local do crime e preparar novos laudos cadavéricos. Badan apenas endossou as conclusões de Marcos Peixoto, diretor do IML alagoano. Essas conclusões foram sempre contestadas pelo coronel da Polícia Militar George Sanguinetti, professor de Medicina Legal. Sanguinetti chegou a pedir garantias de vida por conta de suas afirmações e lançou um livro sobre o assunto.
As conclusões do inquérito presidido por Cícero Torres, entregue ao Ministério Público em setembro de 1996, não conveceram a promotora Failde Mendonça. Em 1999, ela pediu um estudo a Sanguinetti, mas descartou-o por achar que carecia de base técnica. Failde, então, pediu um novo exame a três peritos: os legistas Daniel Romero Munhoz, da USP, e Genival Veloso de França, da Universidade Federal da Paraíba, além do criminalista gaúcho Domingo Tochetto.
PC e Suzana foram exumados novamente. A conclusão do grupo é de que não há evidências suficientes para dizer que Suzana matou PC e se matou. "Não temos como dizer que não houve suicídio. Mas há evidências que falam contra o suicídio", afirma o laudo. Com a conclusão do novo inquérito, em 18 de novembro de 1999, o irmão de PC Augusto Farias e oito ex-funcionários do empresário foram indiciados por suposto envolvimento nas mortes.
